不管是什么食品，转基因的都是对人体的有害的。所以在食物方面，选择有机、非转基因的食品是非常好的。
改变环境
转基因食品在种植、生长过程中，与非转基因作物还是有很多区别的，对土壤和周边的生态环境会造成一定的影响，且这种影响也不一定是正面的。
害虫升级
转基因食品本身就还有灭杀害虫的基因，但是害虫可以依靠淘汰、进化，对这种特征产生更高的抵御性，造成农药也无法灭杀的可能。
减少非转基因作物
转基因作物便宜、好种、产量大，因此，许多农户都乐于种植换基因作物，像传统的非转基因大豆产地东北，本地大豆逐年减少种植，取而代之的是转基因大豆，这种情况很有可能造成非转基因作物种子的停产和灭绝。
影响生育
对小白鼠做过的关于转基因食品喂食的实验表明，转基因食品会对小白鼠的繁殖和生育能力产生严重的影响，一般3-4代以后，将出现繁育困难的可能。因此，对人类而言，转基因食品也可能存在同一问题。
心理恐慌
即使转基因食品不存在任何生理性的危害，但是正常人在选择食品时，任然倾向于选择非转基因的，所以，长期食用转基因食品，并且自己也知情的话，会造成一定的心理负担，产生心理性疾病。
