目前看来对人体是没有害处的。
从实验看，转基因的农作物被动物食用后并没有产生危害，但是有所争议（很多人认为可能对后代产生影响，需要三代验证）
但是，菜籽油的成分其实是比较单一的，转基因和非转基因的油成分都是一样的。即使是反对转基因的很多机构，认为危害都是来自于转基因中的某些蛋白质，而油里面几乎不含有蛋白质，所以即使转基因农作物直接实用有害，也可以认为转基因油和非转基因油没有区别，是对身体无害的。
同时，国际上对转基因有害的争论也集中在农作物本身，，提出质疑的也很多，但是并没有机构来质疑压榨出的油的安全性。
转基因菜籽油主要来自美国和加拿大。
这两个国家主要推广的都是低芥酸的油菜，芥酸对人体有害，我国的标准比国外低很多，所以和国内的非转基因菜籽油相比 ，转基因菜籽油更安全。
菜籽油是一个大类，是否为转基因菜籽油主要从菜籽原料上来说的。转基因菜籽压榨出来的自然叫做转基因菜籽油
