1、原料不同转基因菜籽油是用转基因的油菜籽榨取的，多为国外进口，转基因的油菜籽不是纯天然的，是人工改变基因培育的品种。非转基因菜籽是我国原先有的一些菜籽品种，其原料是天然的农作物。
2、出油率不同转基因菜籽油是从转基因菜籽中提炼出来的油，与非转基因菜籽相比，转基因菜籽出油率高。非转基因菜籽这种菜籽产量要低一些，出油率低些。
3、健康影响不同转基因菜籽油由于有化学成分在里面，再加上多数通过浸出方式榨出来的油对人体有害。非转基因菜籽油对人体无害。
