1、来源不同
芥菜籽油和油菜籽油最重要的区别就是来源不同，它们来源于两种不同的植物芥菜籽油来源于植物芥菜，是这种植物成熟种子压榨出的一种天然食用油，而油菜籽油顾名思义则来源于植物油菜是油菜种子成熟后经压榨提纯后得到的植物油脂。
2、味道不同
芥菜籽油和油菜籽油的味道也有明显不同，虽然他们都是植物油，而且具有浓郁的香味，但芥菜籽油的香味比较容易让人接受，而且清新自然而油菜籽油则具有浓郁的青草气味儿，他必须经过高温烹煮以后再来烹调各种菜品，不然做好以后的菜品味道会比较差。
3、芥酸含量
芥菜籽油和油菜籽油在芥酸含量上也有一定区别，这也算是这两种植物油中都存在的一种营养物质，但芥菜籽油中介酸的含量比较低，而油菜籽油则是一种高健酸的食用油，而这种物质对人类身体是有一定危害的，如果人体吸收过量的芥酸会加重身体多器官负担，也会对身体健康造成不良影响。
4、保健功效
芥菜籽油和油菜籽油在保健功效上也有明显区别，芥菜籽油是一种保健功效极为出色的植物油，而油菜籽油的保健功效则比较差，人们在吃芥菜籽油后能吸收丰富维生素1和大量不饱和脂肪酸，这些物质进入人体后能提高人体的抗衰老能力，而且能保护人类的心血管
