钦防高速公路贯穿全境，直达港口，与西南出海大通道相连，是西南地区最便捷的出海大通道。钦州至崇左高速公路也经过防城港市上思境内。2013年12月,防城至东兴高速公路开始投入试运营,广西对接东盟又添新的大通道，该高速公路与钦防高速公路对接延伸，联通了泛珠三角路网，成为广西南下出关捷径。
客运站：市第一公路客运、港口区客运站 南昆铁路投入营运后，大西南的云、贵、川、桂及重庆市的货物将便捷地通过防城港中转世界各地。防城港直接的经济腹地为广西防城港市和钦州市以及广西壮族自治区内南昆铁路线沿红水河以南地区，及广西百色市、南宁市、南宁地区西南部分。间接的经济腹地为广西区内的其它地区以及云南省、贵州省、四川省、重庆市的西南部和华中地区的湖南、湖北、河南等省的西部地区。
境内有南防铁路，铁路经南防线、钦北线、黎钦线、南昆铁路、湘桂铁路等与全国铁路相联。此外，广西沿海城际高铁即南（宁）钦（州）铁路、钦（州）北（海）铁路及钦（州）防（城港）铁路，正线全长约262Km，国家 I 级双线电气化铁路，设计时速为250Km/H，使北部湾四市（南北钦防）进入一小时经济圈。2013年12月30日南宁至防城港高铁开通，全程1小时15分钟。 南宁至防城港间首发动车为D8251次列车。 防城港是中国沿海12个主枢纽港之一，是西部第一大港，是中国大陆重要的铁矿石、建材及煤炭等重要战略物资的中转基地。港口现有码头泊位36个，其中万吨级以上深水泊位22个，拥有20万吨级矿石码头和西部地区唯一的专业集装箱码头等一批现代化大型港口设施设备，可建万吨级以上泊位200多个，设计年吞吐能力达10亿吨。已开通至香港、海防、新加坡、釜山、东京的多条国际集装箱航线，与80多个国家和地区的220多个港口通航。2012年完成亿吨跨越，吞吐量达10058.42万吨。占广西沿海港口总吞吐量的70%。2013年防城港市港口货物吞吐量完成1.06亿吨。
防城港市有5个国家级口岸，其中东兴口岸是中国陆路边境通关人数最多的口岸，与147个国家和地区实现贸易往来，广西70%的关税在防城港实现，2012年经东兴口岸出入境就达462万人次，占全区的71%，居中国陆路边境口岸前列。具备建设大型物资中转中心、物流港口和出口加工区的良好条件。
钦州:灵山、浦北。防城港:上思、东兴。北海:合浦。
