不一定。并不是所有的农用地上的建筑物都是违建，不是所有的违建认定都是合法的。看护房、仓库房实际上属于农业生产设施，是设施农业用地上允许的建筑。设施农业用地是指农业生产中直接用于作物种植、畜禽饲养、水产养殖所建造的大棚、温室、圈舍、养殖池等生产设施用地，以及为农业种植养殖配建的保鲜冷藏、晾晒存贮、农机库房、分拣包装、废弃物处置、管理看护房等必要的辅助设施用地。
违建的法律后果
1、县级以上人民政府土地行政主管部门(国土资源局)可以实施的行政处罚。
相关法律规定，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，县级以上人民政府土地行政主管部门(国土资源局)有权实施以下行政处罚：
（1）限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状;
（2）对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;
（3）可以并处罚款;
2、乡、镇人民政府可以实施的行政处罚。
相关法律规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正;逾期不改正的，可以拆除。
由上可知，占用农用地建设的房屋并不一定就是违法建筑。在符合一定条件的情况下，农用地也是可以建房的。
【法律依据】：
《中华人民共和国土地管理法》
第六十二条
农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。
第七十四条
违反土地管理法律法规，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的行为，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的行为是破坏耕地行为。
农村房产证办理流程主要是依据《房屋登记办法》的如下规定：
第八十二条 依法利用宅基地建造的村民住房和依法利用其他集体所有建设用地建造的房屋，可以依照本办法的规定申请房屋登记。
法律、法规对集体土地范围内房屋登记另有规定的，从其规定。
第八十三条 因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明；
（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；
（六）其他必要材料。
申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
农村集体经济组织申请房屋所有权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
第八十四条办理村民住房所有权初始登记、农村集体经济组织所有房屋所有权初始登记，房屋登记机构受理登记申请后，应当将申请登记事项在房屋所在地农村集体经济组织内进行公告。经公告无异议或者异议不成立的，方可予以登记
