确切的说，办理无公害农产品认证的责任部门是农业部直属的农业部农产品质量安全中心，具体要经过6个环节：
1、省农业行政主管部门组织完成无公害农产品产地认定(包括产地环境监测)，并颁发《无公害农产品产地认定证书》；
2、省级承办机构接收《无公害农产品认证申请书》及附报材料后，审查材料是否齐全，完整，核实材料内容是否真实、准确，生产过程是否有禁用农业投入品使用和投入品使用不规范的行为；
3、无公害农产品定点检测机构进行抽样、检测；
4、农业部农产品质量安全中心所属专业认证分中心对省级承办机构提交的初审情况和相关申请资料进行复查，对生产过程控制措施的可行性、生产记录档案和产品《检验报告》的符合性进行审查；
5、农业部农产品质量安全中心根据专业认证分中心审查情况，组织召开“认证评审专家会”进行最终评审。
6、农业部农产品质量安全中心颁发认证证书、核发认证标志，并报农业部和国家认监委联合公告。
