经过实验和实践检验，残留期较长的剧毒农药就淘汰了，后来甚至出现了抗虫棉，农药使用更是减少。在棉花盛开时，农药的使用相对就比较少了，而且棉花籽包裹在棉花内部，不直接与农药接触，因此棉花籽农药含量较少。
但是，这不代表棉花籽油就是健康的。棉花籽油虽然饱和脂肪含量很高，但健康的单不饱和脂肪含量低。由于棉花籽油含有50%以上Omega-6脂肪酸，食用太多的情况下，会导致Omega-3脂肪酸缺乏。此外，棉籽油普遍经过氢化处理，这个加工过程会产生反式脂肪，反式脂肪会增加血液中的胆固醇水平。
另外棉花籽含有棉籽油酚，这是一种含酚毒甙，对肝脏、血管、肠道及神经系统毒性较大。游离棉酚有研究表明会导致女性月经紊乱，食用粗制棉籽油还可造成生精细胞损害，导致睾丸萎缩，而无精子产生造成不育，这些都不会直接在表面上反映出来不良反应，但是危害其实很大，所以建议尽量避免长期食用棉籽油，偶尔改个口味也还可以。
