根据花芽分化的指标，可分为生理分化期、形态分化期和性细胞形成期。不同树种其花芽分化过程及形态指标各异。
（1）生理分化期
是指芽的生长点内转向分化花芽发生生理代谢变化的时期。据果树研究，生理分化期约在形态分化期前l～7周(一般是4周左右或更长)。生理分化期是控制分化的关键时期，因此也称“花芽分化临界期”。
（2）形态分化期
是指花或花序的各个花器原始体的发育过程。一般又可分为以下5个时期：
分化初期：因树种稍有不同。一般于芽内突起的生长点逐渐肥厚，顶端高起呈半球体状，四周下陷，从而与叶芽生长点相区别；从组织形态上改变了发育方向，即为花芽分化的标志。此期如果内外条件不具备，也可能退回去。萼片原基形成期：下陷四周产生突起体，即为萼片原始体，达此阶段才可肯定为花芽。花瓣原基形成期：于萼片原基内的基部发生突起体，即花瓣原
始体。
雄蕊原基形成期：花瓣原始体内方基部发生的突起，即雄蕊原始体。雌蕊原基形成期：在花原始体中心底部发生的突起，即为雌蕊原始体。上述后两个形成期，有些树种延续时间较长，一般在第二年春季开花前完成：关于花芽分化指标还因树种是混合芽，还是纯花芽；是否是花序；是单室还是多室等而略有差别。
（3）性细胞形成期
于当年内，进行一次或多次分化并开花的树木，其花芽性细胞都在年内较高温度下形成。而于夏秋分化，次春开花的树木，其花芽经形态分化后要经过冬春一定低温(温带树木0～10℃；暖带树木5～15℃)累积条件下，形成花器和进一步分化完善与生长。再在第二年春季萌芽后至开花前在较高温度下才能完成。如：苹果在花序分离时，其花粉母细胞和雌蕊胚囊才形成。
因此早春树体营养状况对比类的花芽分化很重要。如果条件差，对分化尚未完全的花芽，有时也会出现分化停止或倒退现象。有人把需经一定低温来进一步分化完善花器这一过程，称为“花芽的发育”。
