木芙蓉有清热、凉血、消肿、解毒的药理作用，它的花、叶、根都可以作为药用。最早记载于宋代名医陈自明的《妇人良方》，他用于治疗妇女经血不止。以后元、明以下历代医药典籍也都有记载，最多见的是用于外科疾病。经现代临床应用，证明它的疗效确实。根据《中医大辞典》记载，用木芙蓉的花配制成20%的软膏，外用治疗疖肿、蜂窝组织炎共300余例观察结果表明，芙蓉花有消炎、退肿、拔脓、止痛的作用，一般敷药一次，疼痛即见减轻，经三至七次就能收到有脓排脓，无脓消肿的效果。有关资料还表明，木芙蓉的有效成分对胃癌细胞比较敏感，所以可以用于肿瘤的治疗。
清代学者毛奇龄曾经盛赞木芙蓉，把它比作“敛唇扬蛾，流影揄袂，飘乎多思，静若有待”的妙龄女子。但是，它的药用价值还有待于进一步开发，让流传于民间的疡科秘方发扬光大，造福于全人类。
芙蓉花性平味辛，有清热、凉血、解毒、消肿、排毒之功，
适用于肺热咳嗽、月经过多、白带过多、痈疽肿毒、疔疮、水火烫伤等疾病。
《本草纲目》言其“治一切大小痈疽，肿毒恶疮，消肿，排脓，止痛。”药理研究表明,
木芙蓉含黄酮甙、花色甙等成份，其花的水煎剂对溶血性链球菌有较强的抑制作用。其叶的水煎剂则对金黄色葡萄球菌有抑制作用。用木芙蓉花加凡士林，配成20%的软膏,对治疗局部感染有显著效果。
其药用效方有：
治月经过多：
木芙蓉花、莲蓬壳等份，研末，每次6克，1日3次，米汤送服。
治咳嗽：
木芙蓉花60克，猪心肺适量，共炖熟后，加红糖60克，食肉饮汤。
治水火烫伤：
木芙蓉鲜花，晒干，研末，用芝麻油调匀涂患处。
治肿毒：
木芙蓉叶、苍耳等份，研末，蜂蜜调匀，敷患处。
治腮腺炎：
术芙蓉叶，研末，用鸡蛋清调匀，敷患处，1日2次。
治乳腺炎：
木芙蓉鲜根、鲜叶等份，共捣烂，用白酒调敷患处。
治疮痈肿痛：
木芙蓉鲜花30～60克(干花减半)，冰糖15克。将木芙蓉鲜花加水煎煮，取汁加冰糖溶化，代茶频频饮服。
治妇女白带多：
芙蓉花50克、鸡冠花30克，水煎服，每日1剂。
治痛风：
木芙蓉叶、木芙蓉花各30克。将木芙蓉择净，放入药罐中，加清水适量，浸泡5～10分钟后，水煎取汁，放入浴盆中，待温时足浴，每日2次，每次20～30分钟，每日1剂，连续2～3周。
治风湿：
木芙蓉花、桑寄生各10克。将木芙蓉择净，放入药罐中，加清水适量，浸泡5～10分钟后，水煎取汁，放入浴盆中，待温时足浴，每日2次，每次20～30分钟，每日1剂，连续2～3周。
