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花卉生产企业根据与需求客户签定的供货合同，确定发货品种和数量后，进行组货，委托具有进出口权的代理公司（以下简称发货人）进行检验检疫、报关货运方面的操作，具体程序如下：
1.1 出口报验
根据出入境检验检疫局的要求，种苗出口应提前1－2天，进行报验，并提供准确的数量、件数、毛重、净重等有关资料，由检验检疫局专门培训的报检员，填写报检单，向检验检疫局检务处进行报验，由检务处输入计算机，通知检疫处专门人取单，根据花卉品种不同，由检疫处派检疫人员进行检疫，验货完毕后，制定通关单，出检疫证，完成检验检疫任务后，由检疫处将单证转到检务处，由检疫处审核发证。报检人员先交费，再取证，在检验检疫局有一定的信誉的企业，可以每一个月结算一次。
整个报检时间最快需0.5-2天完成。
1.2 航空舱位的确定
出口代理公司，在报检的同时，必须马上向航空公司或航空货运代理公司进行出口舱位的确定，并提供发货数量、重量、件数、包装规格等，可以电话确定舱位。
1.3 出口报关
发货人根据发货日期，在出货前0.5-1天，凭借检疫证、通关单、发票装箱单、出口外汇核销单等有关证据，到海关大楼报关厅报关。若出口兰花科花卉，还需提供濒危植物保护证。
1.4 花卉发运
在取得以上所有证件后，组织花卉产品，并在航班起飞前的小时，到机场办理进仓、发货。
1.5 外汇核销
根据国家外汇管理的有关规定，出具有一定信誉的出口代理公司，首先向外管局零七八碎使份外汇核销单，并根据花卉品种、数量、单价、销售外汇总额进行填写外汇核销单，发货人在一定时间内进行外汇核销，最迟在领取下一批外汇核销单之前，进行外汇核销。
如果出口花卉公司遭到花卉破损、质量不符，遭外汇拒付，直接影响到外汇核销单的操作。
1.6 出口退税
国家鼓励出口，对出口企业所缴纳的增值税给予退还，发货人需把出口报关单，已经外汇核销的外汇核销单，增值税发票、出口专用缴款书、出口发票等单证，交给税局申请退税，目前花卉公司退税是征3退5。
由于花卉出口退税率的手续繁琐，几乎没有企业申报退税。
