第一章 总则第一条 为了促进国家农业综合开发资金和项目管理科学化、制度化、规范化，保证资金安全运行和有效使用，保证项目顺利实施，根据国家有关法律、行政法规，制定本办法。第二条 本办法所称农业综合开发是指中央政府为保护、支持农业发展，改善农业生产基本条件，优化农业和农村经济结构，提高农业综合生产能力和综合效益，设立专项资金对农业资源进行综合开发利用的活动。第三条 农业综合开发的任务是加强农业基础设施和生态建设，提高农业综合生产能力，保证国家粮食安全；推进农业和农村经济结构的战略性调整，推进农业产业化经营，提高农业综合效益，促进农民增收。第四条 农业综合开发项目包括土地治理项目和产业化经营项目。
土地治理项目，包括稳产高产基本农田建设、高标准农田示范工程、粮棉油等大宗优势农产品基地建设、良种繁育、土地复垦等中低产田改造项目，草场改良、小流域治理、土地沙化治理、生态林建设等生态综合治理项目，中型灌区节水配套改造项目。
产业化经营项目，包括经济林及设施农业种植、畜牧水产养殖等种植养殖基地项目，农产品加工项目，储藏保鲜、产地批发市场等流通设施项目。第五条 农业综合开发应创新机制，强化管理，实行与市场经济、公共财政相适应的管理机制和投资政策。第六条 农业综合开发实行“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发”的投入机制。
农业综合开发资金安排应遵循以下原则：
（一） 效益优先，兼顾公平；
（二） 突出重点，兼顾一般；
（三） 集中投入，不留缺口；
（四） 奖优罚劣，激励竞争。
农业综合开发以资金投入控制项目规模，按项目管理资金。第七条 农业综合开发项目管理应遵循以下原则：
（一）因地制宜，统筹规划；
（二）规模开发，产业化经营；
（三）依靠科技，注重效益；
（四）公平竞争，择优立项。
农业综合开发项目实行自下而上申报。第八条 依照统一组织、分级管理的原则，合理划分国家农业综合开发办公室（以下简称国家农发办）和省、自治区、直辖市、计划单列市、新疆生产建设兵团、黑龙江农垦总局（以下简称省）农业综合开发办事机构（以下简称农发机构）的管理权限和职责。第二章 扶持重点第九条 农业综合开发主要扶持农业主产区，重点扶持粮食主产区。农业主产区按主要农产品产量和商品量以省为单位确定。
非农业主产区的省应确定本地区重点扶持的农业主产县（包括不设区的市、市辖区、旗及农场，下同）。第十条 土地治理项目以中低产田改造为重点，结合优势农产品产业带建设，建设旱涝保收、稳产高产基本农田。坚持山水田林路综合治理，农业、林业、水利措施综合配套，实现经济、社会、生态效益的统一。第十一条 产业化经营项目应参照国家制定的优势农产品区域布局规划，根据当地资源优势和经济发展状况，确定重点扶持的优势农产品产业。通过加强优势农产品基地建设，扶持产业化龙头企业，提高农业生产组织化程度和农业产业化经营水平。第十二条 土地治理项目扶持对象应以农民为重点。
产业化经营项目扶持的对象包括国家级和省级农业产业化龙头企业（含省级农发机构审定的龙头企业）以及农民专业合作组织等。第十三条 由国家农发办确定纳入扶持范围的农业综合开发县，并按照“总量控制、适度进出、奖优罚劣、分级管理”的原则进行管理。第三章 资金管理第十四条 中央财政根据财力可能逐年增加用于农业综合开发的资金。第十五条 财政部依据各地财力状况分别确定各省地方财政资金与中央财政资金的配套比例。
省级财政承担的配套资金总体上不低于地方财政配套资金的80%。省级财政可以在确保地方财政配套资金的前提下根据地（包括设区的市、自治州、盟，下同）、县财力状况确定不同的配套比例。
地方各级财政配套资金应列入同级财政年度预算。
国家扶贫开发工作重点县以及乡级财政不承担资金配套任务。第十六条 农业综合开发的扶持对象应有必要的投入。
土地治理项目的农村集体和农民筹资（含以物折资）投劳，要严格按照“农民自愿，量力而行，民主决策，数量控制”和“谁受益、谁负担”的原则进行筹集，并纳入村内“一事一议”范畴，实行专项管理。
产业化经营项目的自筹资金不得低于财政投入资金。
