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畜禽环境污染已经成为全社会关注的重点，但是围绕畜禽养殖环境污染防治及其管理的法律法规建设严重滞后，目前与畜禽养殖业环境有关的法律法规有《畜牧法》（39、40条）、《水污染防治法》（21条）、《固体废物污染防治法》和《大气污染防治法》，《建设项目环境保护条例》和《环境影响评价目录》中对畜禽养殖业污染也进行了部分规定，在这些法律法规中仅对畜禽养殖业粪便、污水污染防治进行了原则性规定，可操作性不强。
2000年以来专门针对畜禽养殖环境污染治理制定了有关标准，包括《畜禽养殖污染管理办法》和《畜禽养殖业污染物排放标准》（GB 18596—2001）、《畜禽养殖业污染防治技术规范》（HJ/T 81—2001）、《畜禽粪便无害化技术规范》（NY/T 1168—2006），由于这些标准在具体操作中难以实施，加上畜禽养殖因市场影响导致的多变化，在标准的实际监督管理中无法实现。现有法律法规不能满足我国畜禽养殖环境保护管理。
近年来，国家和地方政府在畜禽养殖污染防治中投入了大量的经费，中央政府每年投入几十亿元，已经在全国建成了几千万户用沼气池和上千处大中型沼气工程，取得了较好的治理效果，但是相对于我国数量巨大的养殖场、小区和养殖户而言，还远远不够。
1、取得《畜牧业养殖用地备案通知书》，场区建设符合标准化养殖场基本要求，各功能场所、门牌悬挂标牌，各项制度、证照规范上墙。
2、所饲养畜禽品种为高产优质高效良种，品种来源清楚、检疫合格。认真填写《畜禽养殖档案》，严格遵守饲料、兽药使用规定，无非法添加物使用记录。
3、领取《动物防疫条件合格证》，有一名专职或兼职畜牧兽医技术人员服务，规范执行各项管理制度、填写各项记录。所有饲养、管理人员必须办理健康证明。
4、畜禽粪污处理得当，设施齐全且运转正常，实现粪污资源化利用或达到相关排放标准，投产以来无投诉污染报告。
5、防疫设施完善，科学实施畜禽疫病综合防控措施，认真佩带可识别的畜禽免疫标识，达到畜禽标识一畜一标。病死畜禽实行无害化处理，两年内无重大疫情发生记录。
6、畜禽出栏提前3天到当地畜牧兽医站报检，具有报检记录和产地检疫证明档案。
7、经畜牧部门对畜禽种类、养殖数量、配套设施、防疫设施、饲养管理、环保设施和养殖档案等项内容验收，符合备案条件的发放畜禽养殖代码，相关信息定期向社会公布。
以奖代补项目申报程序：达到标准化要求并领取畜禽养殖代码的新建或改建、扩建养殖场（小区），到当地政府产业化办公室申请以奖代补项目，按全省统一时间和文本格式填表，经乡镇政府初审合格公示，然后由市畜牧局和财政局按当年省验收标准和指标择优入取，分别逐级上报。一般在每年6月份确认上报、9月份省级验收、12月份由乡镇财政所发放资金。
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（一）贯彻执行《中华人民共和国农业法》和有关农业、农机、畜牧业和推进城乡一体化、建设新农村的法律、法规；加强全区农业、农村工作调查研究，参与制定全区农村工作政策，负责起草农业、农机、畜牧业和农村经济社会发展、推进城乡一体化的地方性法规、规章草案，经批准后组织实施。
（二）围绕“农业、农村、农民”问题，牵头全区统筹城乡发展、推进城乡一体化工作，负责做好城乡一体化指导、协调和监督，推进全区农村经济社会发展，建设新农村。
（三）负责农业、农机、畜牧业和农村经济发展战略及产业政策研究，拟定中长期发展规划和年度计划并组织实施；指导产业化经营、区域经济发展和农民增收工作。
（四）负责农业、农机、畜牧业和农村经济结构战略性调整、资源合理配置和农产品品质改善；提出有关农产品及农业、农机、畜牧业生产资料的价格调整、农产品流通、农村信贷及农业、农机、畜牧业财政补贴等的政策建议。
（五）负责农村经济体制改革的组织、指导工作；负责农业、农机、畜牧业和农村经济社会化服务体系、执法体系、质监体系建设和乡村集体经济组织、合作经济组织的建设；稳定和完善农村基本经营制度、政策；调节农村经济利益关系；指导、监督减轻农民负担、土地承包和耕地使用权流转工作。配合区级有关部门抓好农村精神文明建设和农村基层组织建设。
（六）负责拟定农产品市场体系建设与发展规划，促进农业、农机、畜牧业产前、产中、产后一体化；组织实施“菜篮子工程”:
（七）负责农业、农机、畜牧业资源区划和规模、设施、效益、生态农业、畜牧业建设及农业、畜牧业可持续发展工作；指导农业、畜牧业生物物种资源的保护和管理；负责综合协调，做好农村发展环境建设，指导农田基本建设工作，配合有关部门抓好农村水利、城乡路网等基础设施建设。
（八）负责拟定农业、农机、畜牧业科研、教育、培训、技术推广及队伍建设的规划和有关政策；组织实施“科教兴农”战略；组织农业、农机、畜牧业科研和技术推广项目的遴选及实施；指导农业、农机、畜牧业职业技能开发工作。
（九）负责拟定农业、农机、畜牧业产业技术标准并组织实施；负责农产品的质量监督、认证、管理和动植物新品种的保护工作；负责肥料、农药、农膜、兽药、饲料、农机具等农业、农机、畜牧业投入品的质量监测、鉴定和转基因生物安全监督管理；负责国内生产及进口种子、种苗、农药、兽药、肥料、饲料、农机具等产品的行政监督管理等工作。
（十）负责兽医医政、兽药药政和饲料饲政工作；负责组织、监督动植物防疫检疫工作；负责疫情调查、发布疫情并指导、组织动植物疫病扑灭工作。
（十一）负责农村扶贫开发工作，承担对口支援的统筹协调工作。
（十二）负责牵头协调移民安置及其生产生活的安排和扶持。
（十三）负责统筹协调农村经济综合信息网络的规划、建设工作，预测并发布农产品及农业、农机、畜牧业生产资料供求情况等农村经济信息。
（十四）负责农业、农机、畜牧业对外经济、技术交流与合作及农业项目招商引资。
（十五）负责牵头协调涉农部门的工作
