张璐在伤寒的研究中，认为伤寒与杂病，是可分而不可分的。他十分反对“伤寒以攻邪为务，杂病以调养为先”的世俗之见。认为攻邪调养，在各类病中均有侧重，两法在伤寒与杂病中可以互相应用。这一看法，颇为正确。盖伤寒之病虽为邪气主病，但邪气存在必然徒伤正气，导致正气虚衰，因而伤寒一病，亦可根据其临床表现，采用杂病扶正之法。反之杂病亦有因邪而至者，亦可依据伤寒攻邪之法加以治疗。其研究伤寒的重要观点，强调“阴阳传中”为其纲要，即三阳为表，三阴为里，传经属热，直中属寒。若将阴阳传经与直中分辨清楚，再分析属六经中何经，属何脏腑以及分析表里寒热，进行辨证，则能纲举目张。对于《伤寒论》的六经分证，张氏认为在太阳初病之时，可分为风伤卫、寒伤营、风寒兼伤营卫三证。风伤卫则用桂枝汤，寒伤营则用麻黄汤，风寒两伤营卫则用青龙汤。
至于邪在于腑，有在阳明胃腑者，有在少阳之腑者。邪热入胃，万物所归，可用攻下之法。若邪未结实而早下，则有结胸、痞硬、挟热利等变证，因此伤寒家有下不厌迟、汗不厌早之说。又有发汗不开，不可攻里之戒。邪在少阳之府，又有在胆与在血府之不同，虽治法有所区别，但治少阳全在于重视胃气。总之，邪在三阳，有在经在腑的区别。邪传三阴，则从太阴而少阴而厥阴，但伤寒传经之证，皆是热邪。若无邪热之蒸腾，则万无传经之理。三阴经中有阴邪，由于阴主静，故不能传经。因此三阴寒证，均与少阴有关。厥阴之寒是由少阴虚寒而至，因此也用干姜、附子等合少阴以温之，所谓肝肾同一治。而太阴之病，亦可用四逆汤之类，也说明是命门火衰，火不生土所致，因此也要兼温少阴。张璐认为三阴寒证，当以少阴为中心，即所谓治病必求于本。
张璐临床经验丰富，其论血证自成系统，颇有见的。他认为，血之与气，异名同类，都由水谷精微物质所化生。气为血之引导，血为气所依归。故而，研究讨论血证，不能离开人身之阳气，而应时刻重视气血的关系。其次，对血证病机的认识，张氏强调气逆火旺与阳微火衰两方面。其认为出血之机理，多由于人体禀赋有所偏盛，再加上劳役过度，损伤人之阴精阳气，致使血从偏伤偏衰部位而出，形成血证。或由于脏气之逆，或由於腑气之乖，致使脏腑气机失调。气行则血行，气逆则血逆，血随气逆，亦可致病。或阴虚则火旺，火旺则动血，血随火性炎上而上溢，而致出血。或由于阳微而火衰，火衰则阳气不能统摄血液，致使血液下脱而致出血。总之，出血之病机，张氏从虚实两方面来阐发，注重气与火两方面，或为气虚，或为气逆，或为实火，或为虚火，纲领扼要，抓住要点。
对于血证的治法，张氏十分强调要根据人体的阴阳偏盛偏衰来辨证治疗。认为过用苦寒之品，虽能取效于一时，只是对实火之证有效。对于阴不制阳的虚火证虽可取效于—时，但其不能补阴制阳，久服之亦会出现使虚阳愈衰而生变证。若对于阳虚之证用之则犯虚虚实实之忌，更使阳气衰微，以致亡阳而不救。他十分重视行血破瘀之法。认为不论血溢血泻，诸血妄行之证，在其病始之际，宜以行血破瘀之剂，折其锐气，然后区别加以治疗。如果骤加止药，每使败血留积，成为瘀血之根，时常反复发作，为害非轻，后患无穷。总之，张氏治疗血证，注重心肝脾三经用药，反对凉涩，注重温通，是其特点。在具体治疗用药时，吐血者，初起多主张用大黄下之，盖血从上行为逆，下行为顺，而大黄凉血行血，引热下行，使胃热下行，则上逆之吐血可望得止。但对于亡血虚人，不可用此法，以防更虚正气。对于善后调理，张璐十分推崇归脾汤。盖心主血，脾统血，肝藏血，善后调理当重视三经用药，归脾汤恰如其法，故为张氏所习用。
历代医家强调痢疾多属热证，张璐则不以为然，认为属寒属热者均存在。而且不能认为痢疾下白沫者均属寒，痢疾下血者也不能就以为热，临床还应当仔细辨别。若下痢而有血者，当从其血色的紫暗与鲜艳来辨识。若血色鲜紫浓厚者，当属热痢；若血色瘀晦稀淡，或如玛瑙色，则属阳虚不能制阴。二者治疗不同，前者属热，故可用黄连、大黄之类寒凉药物。若阳虚不能制阴的血痢，当以温理其气为主，气行则血可摄。若妄用疏利之法，使人身之津液随之而下，则血不能止，若妄用苦寒之药，则更伤其阳，致变证百出。对于阴虚下痢，身热则邪热更甚，阴血更伤，故其病多危。与伤寒下痢不同，伤寒阴证，易伤阳气，故见身热手足温为阳气回复而可治，见有厥逆不返为阳绝主死。此外，挟邪之痢与时行疫痢亦有身热，治当去其邪气，邪气去则身凉痢止，其病自愈。
张璐研究伤寒，又重视于几种温病的辨识，并注重舌诊在伤寒辨治方面的应用，对以后温病学的发展，产生一定的影响。对杂病的治疗，重视辨证，擅长温补，成为明清时期温补学派的医家之一。正是由于张璐在学术上的较大影响，故而后人称其为清初医学三大家之一。
粤若真元混沌，抱一气於天门；象化童蒙，构三灵於地户。由是金城逆顺，山河假成器之因；玉烛沈浮，风火兆流形之蘖。悬大明於日月，适滞泉宫；设巨浸於云雷，终迷毁宅。太极所以散而为两，洪飚所以吹而为万。虽复卑高异列，俱沈方内之游；坌集横流，共失环中之契。岂夫涅深视，不背色以求真；般若长驱，每乘空而得静？则知一名同出，阴阳为破道之墟；万象皆空，天地即降魔之境。莫见其俯仰，不知其去就。至自於太虚，复归於无物。其建言立德，开业成务。握大柄而推造化，执洪炉而诘元始。西门幽辟，顾非相而迟回；三驾晨严，临有为而出顿。岂不知羁孤长路，终婴旅泊之虞；舟楫中流，未释风涛之苦？将以宅心者寂，虚室所以合符；应物者神，明镜由其不倦。故能商扌宇宙，指麾权实。演群生而非其力，存庶品而非其有。千峦闭景，似居蓬艾之间；双阙临空，若在江湖之上，其释迦之冲用乎？龙怀山者，井络之所交会，岷隅之所控带。攒峰北走，吐沓嶂於元霄；巨壑南驰，喷洪涛於赤岸。香城宝地，左右林泉；碧岫丹岑，往来烟雨。时有法会禅师者，俗姓褚氏，吴郡钱塘人也。金章锡美，河阴传九命之尊；玉铉乘荣，江左受三台之贵。地灵人杰，自朔野而重光；学府文宗，冠南都而独秀。法师紫星降彩，红云受气。应积善於高门，契冥遂於累世。果浮觞引，潜图彼岸之功；聚砾延砂，即揆为山之业。灵枢密运，辟仁路而长鸣；慧刃高挥，斩邪关而洞照。以为冥机体化，毫莫滞其真；执数逐微，乾坤不容其算。於是四禅幽观，破铜堞而出无明；三昧雄图，排铁围而泯非相。法云自在，吐纳龙宫；贤圣不仁，奔驰象域。将使三千塔庙，知真实之元津；万亿幡幢，入空虚之秘藏。安心乐土，遁影灵关，以开皇元年憩於兹岭。
灵墟福地，已被神功；玉榜金绳，未光朝命；蜀王秀以文昭建国，帝子专征。
仗巴服之尊名，裂邛荒之宝命。彤亻帝，跸万骑於铜梁；皂盖国王，警千乘於玉宇。镜山南望，志狭彭渝；锦水西浮，耻朝江汉。开实沈之壁垒，啸京叔之风尘。拥龟堞而托殊方，凭爵堂而傲天子。威权所制，胜兵数十州；雄视所临，经涂五千里。三英赋雪，瞻秋月於梁台；八叟吟风，传朝云於楚馆。思宏正法，广召名僧；振锡云趋，乘杯雾合。禅师括囊泉石，韬迹烟霞。攀紫桂而同尘，守青莲而向晦。冲飚荡岳。宁移忍地之灵？烈火焚山，不挠坚林之色。王心有悟，时加优礼；顺风拜道，封山谢失。发净财於广内，揆仙室於重幽。因嶂为壁，凭崖列户。以开皇五年始赐额为龙怀寺。地邻绵左，遂均绵上之恩；山似龙盘，即建龙怀之刹。尔其崇峦经复，复涧萦回；高邱泄云，长林翳日。增琼垣於下麓，揆瑶构於中岩。香阙神行，珍台妙立。玉虬衔霭，绝游气而负苍天；金凤连甍，排烈风而瞰元圃。延绿房於叠，上拂霞庄；蔓丹阙於重奚，下披泉户。阳开阴阖，变霜露於旋回；蠖动螟飞，起雷霆於指顾。玉堂朝亘，影袭长虹；珠殿宵浮，光含列宿。
禅师殁後，爰有孝恭法师智开、法师宏向、法师宝积、黎四上人者，并禅师之上足，而法门之领袖也。五明衢路，控引情宫；八解源流，朝宗性海。其深为宝，拔白玉於崭岩；无碍居真，得元珠於象罔。住持真界，栖息妙涂；俱深寂灭之源，各证菩提之域。虽业定人境，照已极於无方；而道寄生成，功遂覃於有相。演中乘之奥义，增上栋之宏规。万ㄆ不骞，千门有闶。
俄而帝隋大去，皇家小往。天地闭而贤人隐，云雷屯而巨宝衰。毒龙横雾，四天沈暗逆之悲；醉象驱风，三界溺崩离之酷。上人慧机幽晤，定识潜融。知佛日之恒明，审王风之尚静。芝歌商岳，揆鸡岭而同归；茅藉溪，与猴江而共致。
遁俗无闷，因时有待。洎丹陵启秩，赤县居尊；迦维授手，波旬革面。十千天子，新朝帝释之宫；八万仙人，始向毗耶之国。一音演而荒景服，三圣澄而礼乐备。
由是巴方旧彦，蜀城遗老，仰慈门而知户牖，升福田而喜耕凿。雕鞍绣辖，瞻燕而驰魂；黼带纟延裾，指鹦林而鹬款。宝瓶宵注，润浃尧旬；玉尘晨麾，风调舜历。咸以为假沈其性，迷生安视听之功；动乱其心，穷子失肌肤之恋。江连巫峡，始绊心猿；山对禺同，终维意马。
贞观年中，积黎等乃宣昭遗址，发挥精舍。容成校历，揆日用於天经；隶首陈章，算神功於地。回廊{穴叫}{穴条}，自吐风飚；列榭峥嵘，坐含云雨。
图竭官之妙质，俨卢舍之真容。宝珠周映，银龛备色。逸多垂足，似临兜率之天；师利分身。若赴维摩之境。灵仙可接，藻绘无施；真应难徵，雕镌有寄。若乃巡积，历森沈。天花照而高月落，地籁惊而幽泉涌。紫兰花径，香侵柏叶之炉；绿草文茵，影入芙蓉之座。真童凤策，即践金沙；仙女鸾衣，还窥石镜。岩庄转梵，杳冥松桂之墟；涧户栖槔，寂寞藤萝之院。法鼓奏而寒山旷，洪钟鸣而晓壑静。苔翠藓，具不尽之灵衣；石乳琼浆，入无生之妙馔。肃肃焉，遥遥焉。信调御之珠庭，而列真之甲第也。
爰有上座元鉴法师等，并六尘无我，四谛非他。奉乾越之微言，守楞伽之奥府。法雷潜吼，鼓动风烟；慧日扬明，照临邱壑。青溪坐定，见心宅之恒灵；丹洞行忘，觉身城之每化。须弥不动，迥镇阎浮；崛安居，下观忉利。开四生之广路，叙六趣之彝伦，足以导扬真绩，恭宣来命者矣。县令柳公，讳明献，字太初，河东人也。太元降气，中黄授彩。袭周鲁之荣基，吐河汾之灵液。四科高第，振风翮於三冬；万室崇班，云骖於百里。既而政成黎颂，道洽讴。假无上之幽筌，毗不言之景化。弦歌在韵，将宾偈而齐归；铜墨成章，与梵天而共贯。琼波湛淡，沃荡云雷。珠灌萧条，蔽亏烟雨。贞机罕应，良谈放好事之游；朗调多奇，高赏尽名山之曲。
下走东皋事失，南州涂穷，叹孔席之栖遑，笑阳歧之浩荡。薄游兹邑，喜见高人。三接而定琴樽，七纵而擒风月。林宗有道，相期清浊之间；平叔能言，见许天人之际。从容宴语，契阔胸怀。欣性情之同冥，感形骸之共遣。虽元都妙域，已挂於忘言；而塾读文场，窃申於知已。敢作颂曰：
妙象无倪，神功有涉。湛淡名器，奔腾事业。慧路翘车，禅河舣楫。控引群品，轮回庶劫。纵横宇宙，反覆山川。言因境立，道寄形诠。爰稽福地，式揆珍田。丹溪漏日，碧洞栖烟。都玉槛，须弥石室。榛灌溟，风云萧瑟。ㄧ容乃眷，禅徒有谧。业磴三休，花岩四密。崇峦架殿，叠嶂营楼。千楣凤起，万ㄆ鸾浮。星开绀，月湛青眸。神宫不夜，邃阁长秋。户临重，窗分绝岭。半汉香浮，中天梵警。鹤林圣迹，龙泉佛影。鸟思山空，猿悲峡静。森森巨柏，落落长松。月出东岫，霞生北峰。山人自狎，野老相逢。白云屡断，青溪几重？彭泽之令，临邛之客，比德山薮，重规泉石。法宇成言，慈门致役。糠比吏隐，薜萝心迹。吾生扰扰，与道遑遑。殷勤颂咏，惆怅津梁。投功翠碣，助化元场。百年之後，苔藓苍苍。
